全国解放后，奉命组建中国人民解放军海军，主持制定了海军建设的方针政策和长远规划，任海军司令员30年，为人民海军的艰难初创和不断发展，作 出了巨大贡献。他运用毛泽东军事思想，借鉴中外海军和海战的经验，不断完善中国海军的组织建设和技术建设，第一次确定中国北海、东海、南海三大海区和海 面、海空、海底立体防御的战略体系。他指挥人民海军收复了除台、澎、金、马外的沿海岛屿，执行海防作战任务。1962年开始，他受林彪诬陷，扣上“单纯军 事观点”、“反对突出政治”的罪名。“文化大革命”中被剥夺了对海军的指挥权。在逆境中，他无私无畏，坚决斗争，在中共九大上坚决不投林彪反革命集团骨干 成员的票。1971年“九一三”事件后，他重新主持海军工作。“四人帮”对他进行诬陷，毛泽东坚决不理，明确指出：“萧劲光是个老同志，他上的什么贼船 哟！萧劲光还要当海军司令，海军司令不要易人！”1979年，党中央为他平反昭雪，恢复名誉。
他是中共第八至十一届中央委员，第五届全国人大常委会副委员长，第一、二、三届国防委员会委员。1954年任国防部副部长。1955年被授予大将军衔。1982年当选为中顾委常委。
1989年3月29日在北京病逝，终年86岁。党和人民给予了很高的评价，称他是久经考验的忠诚的共产主义战士，国家和军队的优秀领导人，杰出的无产阶级革命家、军事家，人民军队卓越的军事指挥员，人民海军的主要创建者。
