他深刻总结40年杂交水稻研究与生产的理论成果和实践经验，在《以唯物辩证法指导杂交水稻研究》的论文中，以翔实的一手材料说明毛泽东哲学思想 是指导农业科学实验的锐利武器。他根据事物发展的根本原因是内因的观点选择了水稻杂种优势为科研方向；根据对立统一法则和实践第一的观点实现了杂交水稻的 三系配套，突破了杂交水稻制种关；坚持事物发展变化的观点不断完善杂交水稻的科学技术，由杂交晚稻发展到杂交早稻新组合，改进和提高杂交水稻大米的品质； 坚持马克思主义的认识论和否定之否定规律，促进杂交水稻育种技术由三系法向两系法飞跃，并向一系法前进。他一再强调，只要自觉地学习和运用毛泽东哲学思想 的基本观点，指导杂交水稻科研的深化和发展，就能不断跨入杂交水稻育种的新阶段。

以他为代表的湖南杂交水稻育种研究，得到中共三代领导人的长期关怀。90年代以后，江泽民、李鹏、朱镕基等中央领导人多次接见他。继李鹏总理批 给国家杂交水稻工程技术研究中心数千万元科研基金之后，1998年9月朱镕基总理又特批1000万元经费，支持他主持的超级杂交水稻选育课题。这项课题 是：1996年，他提出的提高光能利用率的优良株叶形态和强大的远缘杂种优势有机地结合在一起的新思路；1997年，按照这一新技术路线试种亩产高达 881公斤，比现在杂交优质稻每亩增产225公斤；如果每年推广1亿亩，年增产粮食可达150亿公斤以上。这就意味着杂交水稻研究将获得具有国际先进水平 的第三次科技突破。湖南农业科学院注册的“袁隆平品牌”，经专业资产评估公司评估，其无形资产价值，达1000亿元。袁隆平农业高科技股份公司A股已经上 网发行，这将大大促进以袁隆平为代表的湖南农业科技成果，通过产业化开发走向市场，尽快转化成社会生产力，产生更大的社会经济效益。

杂交水稻科研和生产的巨大成功，在国内外产生了深刻影响，在农业、生物等科学领域带来了革命性的进步。因此，他和其领衔的科研成果赢得了崇高的 声誉。1981年中共十一届六中全会决议将杂交水稻成果与两弹一星并称为中国科技重大成就。同年国家授予他中国第一个特等发明奖。 1979年，杂交水稻作为中国第一个农业技术专利转让美国。1985年获联合国知识产权组织颁发的杰出发明家奖。1987年获联合国教科文组织科学奖。 1988年获英国皇家朗克基金会奖。1992年被中共湖南省委、省人民政府授予功勋科学家荣誉称号。1993年获美国菲因斯特基金会拯救饥饿研究荣誉奖。 1994年获何梁何利奖励基金生物学奖。1995年获联合国粮农组织世界粮食安全保障奖。1996年获日本日经亚洲大奖。1997年由农作物杂种优势遗传 与利用国际学术讨论会授予先驱科学家称号。还多次获得国家级、省级科技进步奖。尤其在1979年国际水稻研究所科学年会上，他被称为“杂交水稻之父”，因 此享誉全球。1999年，袁隆平农业高科技股份有限公司在长沙成立。  2000年12月“隆平高科”股票上市。2000年8月“袁隆平科技学院”在湖南成立。这是全国首家以科学家的名字命名的高等院校。

撰有《杂交水稻制种和高产的关键技术》、《杂交水稻培育的实践和理论》等论文。主编有《杂交水稻》一书。